根据美国国立卫生研究院国家补充与替代医学中心的数据，在美国，估计有2700万成年人患有骨关节炎，这是最常见的关节炎类型。 由于软骨破裂，骨关节炎患者会遭受疼痛，关节损伤和运动受限。 许多关节炎补充剂都含有葡萄糖胺和软骨素，它们都被FDA作为食品而不是药物进行监管。 葡萄糖胺软骨素用于缓解关节疼痛，改善关节功能并减轻炎症。 与其使用相关的大多数副作用被认为是轻度的，尽管有指控表明可能发生更严重的副作用，但尚无确凿的证据证明。
肠道问题
丹尼尔·克莱格（Daniel Clegg）博士在犹他大学医学院进行的2002年NCCAM研究中，研究了葡萄糖胺软骨素对1, 583人的骨关节炎X线证据。 在研究过程中出现的77例严重不良反应报告中，只有3例归因于研究期间给予的治疗。 大多数副作用是轻度的，并且与包括胃部不适在内的肠道问题有关。 其他但较不常见的副作用在NCCAM文章以及名为Nutritional-supplements-health-guide.com的网站中列出，包括腹痛，食欲不振，呕吐，恶心，肠胃气胀或气体。 在这些部位也有便秘，腹泻或大便软化的经历，但绝非常见。
睡眠问题
苏格兰关节炎研究运动的医生兼顾问Kate McLIntock博士在题为《死亡的苏格兰》中的一篇题为《死亡引发人们对流行的止痛药的安全性担忧》的文章中与记者艾伦·麦克德米德（Alan MacDermid）谈及了氨基葡萄糖软骨素的作用。 ”，她在2008年3月4日发表文章。她被引述说没有严重的不良反应，并且有些人经历了可逆的症状，包括嗜睡和失眠。 由美国国立卫生研究院和国家医学图书馆支持的网站Medline Plus同意，服用葡萄糖胺软骨素的人虽然发生了失眠和嗜睡等睡眠问题，尽管这种情况很少见。
贝类过敏
氨基葡萄糖是由贝类的贝壳制成的，一些研究人员认为，氨基葡萄糖中的贝类过敏原不足以引起过敏反应。 不过，MedlinePlus网站和“苏格兰先驱报”上的文章都记录了传统观点，建议对贝类过敏的人谨慎使用或完全避免使用。
肾脏功能
根据MedlinePlus的研究，服用氨基葡萄糖和软骨素产品的患者尿液中发现的蛋白质含量极高。 尽管该网站指出“其临床意义尚不清楚”，但众所周知，葡萄糖胺是通过尿液从体内清除的，肾脏功能下降的人会遇到葡萄糖胺消除的延迟。 此外，MedlinePlus还参考了服用氨基葡萄糖并经历了急性间质性肾炎的患者，这种情况是肾脏肿胀并停止正常工作。 尽管尚无研究证实肾功能受损的人应避免服用氨基葡萄糖condroitin，但这仍然是一个明智的选择。
