牛奶超敏症影响不到1％的成年人和大约2％至5％的儿童。 根据克利夫兰诊所的说法，食物不耐受是由于人体无法分解食物中的一部分（例如蛋白质）而导致的。 牛奶蛋白酪蛋白和乳清触发消化系统反应，在牛奶蛋白不耐受的个体中产生胃肠道症状。
凳子上的血
牛奶蛋白不耐受会导致大肠和直肠发炎，导致大便带血。 约翰·霍普金斯大学医学院儿科副教授艾伦·莱克（Alan M. Lake）博士说，这种情况被称为直肠炎或直肠结肠炎，主要发生在婴儿中。 Lake指出，这种症状通常在2至8周龄时出现，并在消除牛奶蛋白暴露的三天内消除。 莱克说，大约95％的受影响婴儿将能够耐受9个月大的乳蛋白摄入量。
便秘
尽管排便的频率可能因人而异，但梅奥诊所表示，每周排便少于三个便可以表明便秘，大便干dry的情况也可能如此。 牛奶蛋白不耐症与慢性便秘有关。 研究员Silvia Daher及其同事在2001年12月的《小儿变态反应与免疫学》杂志上报告说，当从饮食中清除牛奶蛋白时，患有慢性便秘的28％的儿童经历了正常的排便。
胃食管反流
胃内容物反流至食道，称为胃食管反流，可能是由于对牛奶蛋白不耐受所致。 哈佛医学院小儿科副教授Harland S. Winter博士说，多达40％的患胃食管反流的婴儿不耐受牛奶蛋白。 受影响的人可能会感到胸口和喉咙有烧灼感，咳嗽，喘息和吞咽困难。 婴儿也可能拒绝进食。
腹泻
牛奶蛋白不耐症可以在小肠中引发炎症反应，称为肠病，它会干扰吸收并引起腹泻。 它最常发生在9个月大以前接受过牛奶的婴儿中。 当整个胃肠系统受到影响时，这种情况称为牛奶蛋白诱导的小肠结肠炎。
呕吐或吐痰
牛奶蛋白诱导的肠病和小肠结肠炎也会发生呕吐。 它通常在消耗牛奶蛋白两到四个小时内开始，并可能导致严重脱水。 婴儿经常吐出水可能表明牛奶蛋白不耐受引起胃食管反流。
