蛋白质分子由称为氨基酸的亚基组成。 在人体蛋白质中发现了二十种不同的氨基酸。 九种是必需氨基酸，这意味着它们必须来自食物，其余11种是不必要的，因为人体可以根据需要制造它们。 根据“高级体能评估和运动处方”，保持均衡饮食的健康个体不需要氨基酸补充剂； 摄入大量氨基酸会构成严重的健康风险。
体重增加
氨基酸被运到肝脏后的命运在很大程度上取决于人体的需求。 一般人的建议蛋白质摄入量为每磅体重每天0.8克。 短时间内未使用的任何氨基酸都无法存储以备将来使用，而是会转化为葡萄糖并燃烧成能量，或者转化为脂肪或糖原来存储。 由于美国平均饮食超出了日常蛋白质需求，因此不必要的氨基酸补充会导致体重增加。
运动员的危险
根据“高级体能评估和运动处方”，耐力运动员每天每磅体重需要1.2到1.4克蛋白质； 力量训练运动员需要1.6到1.8克。 通过饮食很容易满足这些要求。 补充氨基酸可以通过增加脱水的风险来对抗运动员，因为需要额外的水才能排出体内蛋白质代谢的副产物。 而且，氨基酸补充使运动员难以掺入足够的碳水化合物来确保糖原在肌肉中的充分储存。
氨基酸失衡
服用单氨基酸补充剂会导致失衡，可能会干扰食物中氨基酸的正常吸收。 某些类型的氨基酸竞争载体，将其转运通过肠壁进入血液。 摄入氨基酸补充剂时，它会将特定的氨基酸淹没在运输载体中，这可能导致其他氨基酸不能被适当地吸收。
肾功能
处理过量的蛋白质可能使疾病和受损的肝脏和肾脏负担过重。 患有肾脏或肝脏疾病的人经常被限制蛋白质饮食。 根据《全面营养：您唯一需要的指南》，食用终生高蛋白饮食可能是肾脏功能随年龄增长而略有下降的原因。 但是，此连接仍在调查中。
骨质疏松症
加入已去除磷酸盐的纯化蛋白补充剂和氨基酸混合物，可能会增加肾脏对钙的排泄。 发表在《美国临床营养杂志》上的一项研究发现，摄入过多的蛋白质是造成钙丢失的重要危险因素。 长时间摄入过量的蛋白质会降低钙的吸收，并可能导致骨吸收，从而导致骨质疏松。
