根据世界卫生组织的说法，沙门氏菌是全世界食源性疾病的最常见原因之一。 在美国，每年有140万例感染导致超过15万次就诊，1.5万例住院和500例死亡。 尽管沙门氏菌中毒通常会引起轻度，自限性肠胃炎（“沙门氏菌病”），但在某些情况下可能会产生长期影响。
转移性感染
在极少数情况下，沙门氏菌会从肠道逸出进入血液。 当沙门氏菌从血液中扩散（转移）到感染身体的其他部位时，血液感染本身可能是致命的，并且可能产生长期的并发症。 转移性沙门氏菌感染的例子包括心脏瓣膜和心脏内膜（心内膜炎），骨骼（骨脊髓炎），肾脏（肾盂肾炎）和其他软组织（包括脑）的感染。 通常，与典型沙门氏菌肠胃炎相关的感染需要12至72个小时，这些感染的生长速度较慢，而且出现时间要长得多。 它们在健康的成年人中很少发生，而在免疫系统受损（例如患有艾滋病，癌症，镰状细胞性贫血的人）或多种医疗问题的人中更为常见。
自身免疫病
沙门氏菌暴露后，免疫系统会产生针对细菌的抗体。 不幸的是，沙门氏菌类似于许多人体内存在的细胞表面标记。 结果是导致自身免疫疾病的Reiter综合征，产生慢性关节痛（关节炎），眼睛刺激（有或没有虹膜炎的结膜炎）和排尿问题（尿道炎）。 在《传染病临床》杂志2001年发表的一项研究中，将近三分之一的感染沙门氏菌沙门氏菌（最常见的沙门氏菌之一）的人发展为关节炎，可持续长达6个月，有近50％的人报告复发最初的情节解决后。
长期承运人
在某些情况下，个体从沙门氏菌感染中恢复成为慢性携带者。 人类慢性沙门氏菌携带者最著名的例子是“伤寒玛丽”。 勒维特（JW Leavitt）在1996年出版的《伤寒玛丽：对公众健康的俘虏》一书讲述了无症状的爱尔兰裔美国厨师与1900年代早期纽约市9种不同的伤寒疫情中的54例病例和4例死亡相关的真实故事。
如今，通常可以通过延长疗程来根除慢性携带者状态，尽管个人可能会对其暂时从事的工作类型有所限制。 大多数慢性携带者无症状。 然而，患有艾滋病和其他类型免疫功能低下的患者可能在抗生素有效之前反复发作。
