含有益生菌（可促进消化健康和免疫力的“友好”细菌）的补剂在注重健康的消费者中越来越受欢迎。 根据国家补充和替代医学中心（NCCAM）的数据，1994年至2003年间，益生菌的销量几乎增长了两倍。NCCAM指出，益生菌显示出有望用于治疗腹泻，肠易激综合症，尿路感染和小儿湿疹。 然而，像所有补品一样，益生菌也有一些缺点。
不足的证据
美国国立卫生研究院的服务Medline Plus指出，嗜酸乳杆菌（世界上最受欢迎的益生菌）的许多用途尚未得到证实。 尽管有充分的科学证据支持将嗜酸菌用于细菌性阴道病的治疗，但还没有足够的大规模，双盲临床试验来充分确立益生菌可以治疗其他疾病的观念。
胃肠道副作用
根据美国国立卫生研究院的统计，益生菌有时会引起轻度的气体或胃部不适。 但是，这种副作用通常会随着持续使用而减少。 在服用中等剂量的益生菌的人中很少见到这种副作用。
感染的可能性
根据美国国立卫生研究院的资料，免疫系统严重受损的人服用益生菌后可能会发生全身性感染。 这种威胁生命的副作用极为罕见。 它仅在免疫系统已被艾滋病，化学疗法药物或免疫抑制剂损害的人群中得到证明。
