益生菌是生活在肠道中的友好细菌。 它们促进某些营养物质的健康消化和吸收，起到排挤病原体的作用，例如酵母，其他细菌和病毒，否则可能导致疾病。 益生菌与人类胃肠道发展出互利共生的共生关系。 他们从我们摄入的食物中受益，我们的身体利用了生命过程中的副产品。 嗜酸菌是最广为人知的益生菌，但还有成千上万种对健康有益的菌株。
乳杆菌
嗜酸乳杆菌是最著名的益生菌，对小肠的健康也是最重要的益生菌之一。 除了肠子残留之外，嗜酸菌还可以在阴道，子宫颈或尿道中占据。 嗜酸菌可抑制病原体，并产生天然的抗生素，如乳酸菌素和嗜酸菌素，可增强免疫力。 嗜酸菌对金黄色葡萄球菌，沙门氏菌，大肠杆菌和白色念珠菌具有抗菌作用。
短乳杆菌，简称L. brevis，是一种产生乳酸的益生菌，有助于合成维生素D和K。
酸奶发酵中使用的保加利亚乳杆菌通过产生乳酸起到保护作用，为其他物种创造了友好的环境。
植物乳杆菌（L. plantarum）生产内酯，另一种天然抗生素。 车前草还可以合成抗病毒氨基酸L-赖氨酸。 这种生物消除了硝酸盐，提高了一氧化氮水平并减少了病原体。
鼠李糖乳杆菌对胆盐具有很高的耐受性，在不利的环境中存活。 该物种已显示出对老年人和婴儿均有益。 鼠李糖有助于乳糖不耐症，保护小肠，并在大肠中产生乳酸。 乳酸杆菌的其他菌株包括发酵乳杆菌，高加索氏乳杆菌，瑞士乳杆菌，乳酸乳杆菌，罗伊氏乳杆菌和干酪乳杆菌。
双歧杆菌
双歧双歧杆菌是这一类别中最受认可的。 双歧杆菌生活在大肠和/或阴道的粘液层内，可防止病原菌和酵母菌侵入。 双歧杆菌通过产生乳酸和乙酸而在pH值方面产生有利的变化。 另外，这种物质增加了铁，钙，镁和锌的吸收。
婴儿双歧杆菌模拟影响免疫系统的细胞因子的产生，并能杀死诸如梭菌，沙门氏菌和志贺氏菌等病原体。 长双歧杆菌定植在大肠中。 它可以防止不友好的细菌和酵母菌滞留。 这可以减少在使用抗生素期间出现胃肠道问题的频率，例如腹泻和恶心。
其他菌株
嗜热链球菌是另一种用于制造酸奶的益生菌。 分解乳糖产生乳糖酶（一种消化乳糖的酶），可以帮助乳糖不耐症。 其他链球菌菌株包括cremoris，粪便和婴儿。
粪肠球菌在研究中显示对腹泻有帮助，可缩短症状持续时间。 它可以杀死病原微生物，例如轮状病毒。 研究还显示该菌株可降低LDL或不良胆固醇。 这种生物对抗生素非常有抵抗力。 粪肠球菌虽然是短暂的客人，但它却是人体中受欢迎的自然生物。
